Jusqu’à présent l’administration était assurée par des compagnies de commerce, désormais :

Un gouverneur est nommé, représentant le roi. Il et chargé des affaires militaires et des relations extérieures (notamment avec les Amérindiens). Il détient l’autorité sur l’armée.

Un intendant se charge des questions judiciaires et économiques. Il est responsable de l’ordre public. Le développement économique et démographique de la colonie est sa mission essentielle.

Un conseil souverain dispose du pouvoir législatif et la cour de justice. Il enregistre les édits du roi et constitue une cour d’appel.

La majorité des habitants étant des hommes, le roi envoie de jeunes femmes à marier pour augmenter les naissances. Ces « filles du roi » au nombre approximatif de 850 arrivent en Nouvelle-France de 1663 à 1673 depuis l’Ile de France, Rouen ou la Rochelle avec un trousseau, voire une dote. En 1683, le peuplement atteint 10 000 habitants et près de 90% du peuplement vient désormais des naissances et non de l’expatriation. Mais cette politique de peuplement a eu ses limites, un arrêté du roi de 1668 interdit aux Huguenots de peupler le Canada au risque qu’ils s’entendent avec l’ennemi anglais protestant au sud, dans les colonies anglaises d’Amérique. Globalement l’effort démographique n’est pas à la mesure proportionnelle pour un pays de 20 millions à l’Epoque (contre 6 en Angleterre qui elle expatrie 70 000 habitants dans les colonies Américaines). Les Antilles, autres colonies Française atteignent déjà, dans les années 1660, les 8 000 habitants contre 2500 au Canada.

De n’est qu’au XVIIIe siècle que le Canada compte environ 60 000 habitants contre près de 2 millions dans les treize colonies anglaises d’Amérique.

Jean Talon, premier intendant, se charge de réformer le système seigneurial en modifiant les attributions de terre pour optimiser la production agricole. Il tente de diversifier l’économie conscient que la fourrure seule ne peut suffire d’autant plus que le réseau est incertain depuis la disparition des Hurons. Talon tente de diversifier les activités économiques et investit dans la construction navale, développe le commerce avec les Antilles, initie une production industrielle de lin à partir duquel sont conçu en France les coiffes alors à la mode à la fin du XVIIe siècle.

Talon est confronté à l’insécurité de la colonie qui freine le développement économique. Les Iroquois font peser une menace constante. La France envoie donc en juin 1665 un régiment de 1200 hommes dont les offensives amènent à un traité de paix.

Les rapports que Jean Talon envoient à Versailles sont nourris d’une certine forme d’exagération dans les statistiques de production navale, sur le nombre des naissances ou de mariages. Toutefois son action réformatrice accompagna la transformation de la colonie, essentiellement politique car les initiatives économiques s’avèrent être des échecs. Ce personnage historique jouit encore d’une forte renommée au Québec, fruit d’une historiographie qui enjolive le personnage et son action au XIXe et XXe siècles. Quelques historiens cependant tâchent d’équilibrer l’image, c'est le cas de Marcel Trudel.

C'est au début du XVIIIe siècle, après 1713, que la colonie connaît une époque de développement économique encouragée par une période de paix jusqu’en 1744. En 1735, et pour la première fois depuis le début de la Nouvelle France une route relie Québec et Montréal le long du cordon de vie de la Nouvelle-France favorisant ainsi les échanges.

La France renforce sa position par la construction de la forteresse de Louisbourg sur l’île Royale, face à l’Atlantique, dont le développement rapide est essentiellement basé sur la pêche à la morue. La production agricole permet maintenant d’exporter les surplus aux Antilles à partir de 1720. Les cultures du lin ou du chanvre fournissent les matières premières agricoles à exporter. S’ajoute l’exportation de bois, l’exploitation du fer mais les fourrures restent encore le premier produit exporté. Une industrie de forge et un chantier naval royal sont également créés. Cependant le budget de la colonie reste essentiellement investit dans les projets militaires de défense quand ce n’est pas de Versailles, où vit le Roi, que provient les fonds. Le coût de construction de la batelerie royale de Québec est ainsi pris en charge en 1691.