C'est le roi Henri III qui pose la première pierre du pont en 1578. Il est en pleurs puisqu'il vient de célébrer l'enterrement de certains de ces préférés morts en duel quelques jours plus tôt d'où le premier nom officieux du pont-neuf : le pont des Pleurs. Les travaux ne s'achevèrent qu'en 1606 sous Henri IV.
Le pont neuf porte bien son nom puisqu'il a la particularité d'être le premier pont parisien à avoir été bâti uniquement pour le passage d'une rive à l'autre. Auparavant les ponts parisiens, et celui de Notre-Dame est un bel exemple, étaient conçus avec des habitations sur chacun des côtés. Un tel changement se justifie pour des raisons pratiques de déplacement mais aussi de sécurité. En effet, les maisons s'écoulaient souvent à cause des crues ou des chocs provoqués par les bateaux. Désormais les parisiens peuvent, en se promenant sur les trottoirs, apprécier la vue de la scène, de Paris et du Louvre. En 1614 est installée une statue équestre du roi Henri IV qui sera enlevé par la Révolution puis remplacé sous la Restauration. La légende veut que le fondeur Mesnel ait déposé dans la statue des parchemins et une statue de l'Empereur Bonaparte qu'il admirait tant.
L'architecte Androuet du Cerveau place une série de demi-lunes de chaque côté. S'y installent des boutiques et une vie commerciale qui s'ajoute à un sens critique puisque le pont devient au XVIIe siècle le lieu de critique et de moquerie de personnes importantes telles les favorites du roi Louis XIV. Les boutiques ne quitteront ces emplacement qu'en 1848 lors d'une réparation mineure qui laissa au pont l'aspect initial que l'on connaît encore aujourd'hui.