Déjà, sous le règne d'Henri II, les protestants se plaignaient d'un mal encore plus dangereux que le catholicisme : la famille de Guise. Deux frères, François et Charles de Guise, sont auprès du roi et mènent avec lui une répression farouche. Pour eux, la Réforme est une hérésie qu'il faut combattre dans le sang et ceux qui y adhérent ne sont plus considérés comme sujets du roi, n'ayant plus la même religion que lui. Les protestants accumulent leur haine sur les Guise, coupables selon eux d'influencer le roi et de l'empêcher d'agir librement. En réalité bien sûr, Henri II ne voulait pas agir autrement qu'en éradiquant les protestants. Mais ceux-ci ne pouvaient, au regard de la pensée politique de Calvin qu'ils suivent, s'attaquer au roi. Ils ne pouvaient lui résister tant il incarnait l'autorité venue de Dieu. Dans ce contexte, la seule possibilité était de se rendre auprès du roi pour tenter de lui expliquer qu'ils ne sont ni séditieux, ni hérétiques, ni monstrueux mais de simples sujets désireux d'aimer Dieu autrement.

Ils se réunissent alors en 1559 et rédigent une Confession de Foi dans laquelle ils s'expliquent. Ils ne remettent pas en cause l'autorité du roi. Mais l'idée est difficile à accepter dans un Royaume où être sujet implique d'être catholique. L'explication est posée sur papier, reste à approcher le roi. Quand Henri II meurt subitement cette année d'un coup de lance dans l'œil, son fils François II lui succède. Pour les protestants, c'est l'occasion idéale d'agir mais agir dans l'urgence car le nouveau roi est jeune et son esprit est vulnérable aux propos des Guise. Il faut le protéger ainsi que sa mère Cathérine, régente, avant que les Guise, crainte suprême des protestants, n'usurpent le trône de France. L'impossibilité de voir le roi, le danger permanent incarné par les Guise, certains protestants vont agir autrement que ce que leur autorise Calvin. Ils se réunissent et organisent une conjuration pour enlever la famille royale des mains des Guise. Ce sera à Blois en mars 1560. Les Guise, informés de l'action, amènent la famille à Amboise, demeure médiévale plus protégée, c'est ici que sera donné l'assaut.

Mais celui-ci est un échec, les Guise mettent en déroute certains et en massacrent d'autres. Les derniers seront pendus sur les balcons du château (voir photo prise du balcon donnant sur celui qui a servi à pendre les conjurés). Amboise est le premier acte armé de la période des troubles liée à la Réforme française. Il témoigne d'une véritable pensée politique où la motivation religieuse paraît plus secondaire. Déjà, en 1560, une ligne de conduite est donnée, elle sera la même jusqu'à la Saint-Barthélémy. Il s'agit de libérer un roi de mains diaboliques: ce n'est pas "contre le Roy, ni contre le Royaume que nous avons pris les armes, mais tout au contraire c’est pour le Roy nostre Souverain Seigneur, & pour les siens." 1

Pour la première fois, un acte de résistance active est tenté par des protestants mais son échec ne s'explique pas uniquement par un manque de prudence et de discrétion. Aucun soutien de grands personnages ne permettait de donner à ce mouvement l'ampleur nécessaire. Le roi de Navarre, dont la sensibilité religieuse est changeante n'y participe pas; quant au Prince de Condé, il refusa toujours d'y participer personnellement.

Tout change en 1562. Il manquait à Condé une raison officielle pouvant justifier un conflit contre les Guise. Ce sont eux qui le lui donneront à travers un massacre. C'est ainsi que cette année là, après l'échec d'une tentative d'entente entre les deux camps à Poissy en 1561, des protestants se réunissent pour un prêche dans la grange de Wassy, en Champagne-Ardennes (représentation à gauche). François de Guise en allant sur Paris, les trouve. Il donne l'assaut, c'est un massacre. Désormais, la guerre est déclarée, d'autant plus que le massacre de Wassy est perçu chez les protestants comme une atteinte à l'autorité du roi, comme un élément supplémentaire qui montre qu'il fut protéger le jeune Charles IX. Le discours politique est rodé, sauver le roi, libérer la France de ces Guise, ces Lorrains, ces étrangers perturbateurs!

De 1562 à 1572, trois guerres se succèdent. La première, 1562-1563, donne aux protestants une liberté de culte grâce à l'édit d'Amboise. C'est la première fois que l'état reconnaît leur différence, première victoire qui s'inscrit dans une politique de tolérance menée par Cathérine de Médicis. Il s'établit, entre 1562 et 1567, une brève période de paix et de confiance réciproque (Guise exclus).

Mais la peur de voir les Lorrains toujours à portée d'influence, la peur provoquée par un mouvement de troupes espagnoles, amènent à la seconde guerre (1567-1568). Rien ne sortira de celle-ci si ce n'est une grande frayeur de la famille royale qui a failli être capturée par les protestants.

La troisième guerre, 1568-1570, voit la mort atroce du Prince de Condé en 1569, assassiné sans respect des lois de la guerre à Jarnac. A la fin de la bataille, Condé est bloqué sous son cheval, un capitaine catholique vient l'achever d'un coup de pistolet sur ordre de son gouverneur. Son cadavre sera exposé pendant trois jours, il était un Grand du Royaume mais peu importait sa naissance, il était protestant avant tout. Le conflit apporte cependant deux éléments importants: des places de sûreté comme la Rochelle sont accordées aux protestants et l'un de leurs nouveaux chefs, L'Amiral de Coligny, entre dans le cercle restreint des hommes de pouvoir entourant le roi. Le parti protestant a désormais un meneur auprès du roi, un contre pouvoir face aux Guise, c'est l'aboutissement de la pensée politique menée jusque là.

Pourtant la France n'a pas encore connu le pire. L'année 1572 marque une rupture nette dans la pensée politique et les relations entre catholiques et protestants. Les massacres de la Saint-Barthélémy font rentrer la France dans une longue période qui va la diviser et l'appauvrir.