1584, année terrible pour la Ligue car elle pose le problème épineux de la succession au trône de France. Si Henri III n'a pas d'enfant, le trône revient à son frère le Duc d'Alençon. Or, celui-ci meurt cette année-là et au regard des lois françaises qui régissent le choix du roi, le plus proche parent est Henri de Navarre. Un protestant sur le trône de France! Impossible. Les Guise ne l'acceptent pas et avec eux une bonne partie de la population. La mort du duc d'Alençon sonne le moment d'un renforcement de la Ligue catholique qui s'enferme dans un radicalisme appuyé par le soutien Espagnol. A Paris, la Ligue forme un gouvernement révolutionnaire autour de seize hommes. Avec une milice bourgeoise et un soutien populaire, la ville plonge dans la sédition.

Les dernières années de règne d'Henri III sont marquées par l'influence de la Ligue sur les Français si bien que, dans une dernière tentative politique, le roi s'unit à Henri de Navarre l'ex épargné de la Saint-Barthélémy qui a pu s'enfuir du Louvre en 1576. Ensemble, ils gagnent des batailles contre la Ligue (celle de Coutras en 1587) et le roi va jusqu'à faire assassiner Henri de Guise dans le château de Blois en décembre 1588, espérant ainsi décapiter le mouvement ligueur. La fureur n'en est que plus grande et Henri III le payera de sa vie en étant poignardé en août 1589, par le moine Jacques. Cependant, avant de mourir, le roi se résout à admettre qu'Henri de Navarre est son successeur. Avec son dernier souffle s'envole la dynastie des Valois, régnante depuis 1328.

La nouvelle tant redoutée par les catholiques tombe : Henri de Navarre sera roi de France, ce qui n'a rien pour calmer les esprits. De nombreuses villes refusent de lui obéir, le nouveau roi n'a pas de Capitale, a un titre discuté, et un royaume divisé. De plus, les troupes espagnoles, pour soutenir la Ligue, entrent en territoire Français: Henri de Navarre devenu Henri IV doit reconquérir son Royaume.

Les sources imprimées de l'époque montrent ce combat d'idées entre partisans et opposants au roi. Les uns refusent de le reconnaître, les autres finissent par préférer la "concorde civile" à un conflit qui appauvrit le pays depuis quarante ans et qui, avec l'entrée des troupes espagnoles, pose un risque sur la pérennité de la France. Certaines sources poussent au régicide, méthode déjà utilisée avec Henri III. Une guerre d'influence se joue à travers ces textes qui racontent avec gloire une victoire et avec mépris les agissements ennemis. Le livre est devenu une arme depuis l'invention de l'imprimerie: il est désormais facile d'écrire et de diffuser une rumeur, c'est ainsi qu'un partisan de la Ligue écrit en 1590 qu'Henri IV aurait dit "c'est mon intention de ruyner la Papauté"2 , petite phrase piquante faite pour le désavouer.

Cependant, petit à petit et au prix de victoires comme celle d'Ivry en 1591, certaines villes reviennent sous la domination royale comme Grenoble, Provins mais Paris reste ligueuse! Comment un roi peut t-il régner sans Capitale?

C'est alors que le roi, devant l'urgence de la situation, fait passer la notion de raison d'Etat avant la religion et fait déclarer aux catholiques en mai 1593, lors de l'assemblée tenue à Surennes, qu'il désire se "resoudre avec eux de tous les poincts concernans la religion Catholique" 3, c'est à dire se convertir. Dès lors, cette manœuvre politique affaiblit la Ligue et les villes se rendant au roi se multiplient. Même Paris, qui "vaut bien une messe", va ouvrir ses portes (voir au dessus représentation de cet événement par un peintre du XIX^e siècle). La paix passe par la conversion en juillet 1593 puis le Sacre l'année suivante. Enfin, Henri IV est reconnu comme roi. Sa tâche sera désormais de chasser les Espagnols de France, ce qu'il fait à la fin des années 1590. Pour ce faire, à côté des batailles, s'ajoute une propagande faisant du roi l'exemple du patriotisme.

L'année 1598 marque la résolution des troubles militaires et des divergences religieuses. Le 13 avril, le roi signe le fameux édit de Nantes, qui reprend de nombreuses closes déjà existantes dans les autres édits signés depuis 1560. Par cet édit, le roi met en place un système de reconnaissance de la différence tout en laissant le catholicisme comme religion d'état. La tolérance des protestants est officielle mais elle plus synonyme de résignation que de tolérance. Le roi est le garant de la paix et de la bonne entente d'un Royaume pourvu de deux Fois. Le roi doit intervenir personnellement en 1599 au parlement de Paris pour que celui-ci l'enregistre, c'est à dire l'approuve (image de gauche). Le 2 mai, le traité de Vervins établit la paix avec l'Espagne, la France est épargnée par ses armées. Il reste au roi de France, l'un des plus connus et des plus aimés de notre histoire, de redresser l'économie du pays, ruinée par quarante années de guerres civiles qui ont fait au moins un million et demi de morts. Pourtant les guerres de religion ne sont pas finies, elles reprendront sous Louis XIII avec le siège de la Rochelle où d'autres héros français s'illustreront, tout en étant immortalisés par Alexandre Dumas dans ses "Trois mousquetaires".