A l'origine édifié au XIII^e siècle sur un promontoire rocher entre le Quercy et l'Agenais, le Château de Bonaguil n'adoptera sa forme actuelle qu'au XV^e siècle après de nombreuses modifications. Celles-ci l'adaptèrent aux exigences militaires du temps, essentiellement pour la défense contre l'artillerie (voir à ce sujet l'article sur l'architecture militaire médiévale). Ces modifications sont terminées au début du XVI^e siècle vers 1530, à une époque où la mode du château austère du Moyen-âge s'estompait de plus en plus pour laisser place à l'architecture Renaissance. Par cette adaptation tardive, ce château est l'un des derniers témoignage de la féodalité où les seigneurs géraient eux-mêmes leur protection.

Il présente un imposant système de défense avec de larges murs, treize tourelles ou tours dont la plus haute atteint 35 mètres, des canonnières ou encore plusieurs pont-levis, le tout sur 350 mètres de périmètre.

Mais cet imposant édifice militaire n'a jamais servi à la guerre, le château n'a jamais subi de siège après le XVe siècle et ne servait que de résidence principale ou secondaire selon les propriétaires. Alors, après une série de successions, c'est la révolution qui, comme souvent, porta un coup dur au château en détruisant une partie de l'édifice et en pillant son mobilier. Après une valse de propriétaires au XIX^e siècle, le château est classé Monument Historique en 1862, ce qui évita sa chute dans l'oubli.